很多种蛋在孵化期间死亡，造成孵化率降低。
1、孵化前期死亡（1～6天）
遗传因素。种鸡的营养水平及健康状况不良，主要缺乏维生素A、维生素B。种蛋储存时间过长。保存温度过高或过低。种蛋熏蒸消毒过度。孵化前期温度过高或过低。种蛋运输时受剧烈振动。
2、中期死亡（7～12天）
种鸡的营养水平及健康状况不良，主要缺乏维生素D、维生素B2。入孵前种蛋末预热。污蛋未消毒或消毒效果低。孵化温度过高或过低。未翻蛋或翻蛋不当。通风不良。
3、后期死亡（13～18天）
种鸡的营养水平差，如缺维生素B12，气室小，是湿度过高。胚胎如有明显充血现象，说明有一段时间高温。发育极度衰弱，是温度过低。小头啄壳，是通风换气不良或小头向上入孵。
4、闷死在壳内
出雏时温度、湿度过高，通风不良。孵化后期温度低。胚胎软骨畸形，胎位异常。遗传因素。
5、啄壳后死亡，种鸡饲料营养不良
种鸡群感染疾病。如果洞口有黏液，是由于高温、高湿。第20～21天通风不良或二氧化碳含量过高。移盘时温度骤降。有致死基因。小头向上孵化。1～14天未翻蛋。20～21天孵化温度过高，湿度过低。在胚胎利用蛋白时遇到高温，使蛋白未吸收完，尿囊合拢不良，蛋黄未吸收。
