目的 ：通过对鸡舍及设备的清洗和消毒，可以清除鸡舍及设备上的病原微生物，切断各种病原微生物的传播链，以确保上一群鸡不对下一群鸡造成健康和生产性能上的垂直影响。
清洗和消毒程序
程序的制定： 鸡舍的清理、冲洗及消毒工作是一项复杂的系统工程，在种鸡淘汰前，要制定一个科学、合理的清理、冲洗及消毒程序。制定程序时，一定要因地制宜，既全面、细致，又要考虑重点；既考虑集中性工作，又要考虑交叉性工作；尽可能减少重复性劳动，尽量避免交叉感染，最大限度减少设备的损坏和丢失。并根据任务的期限、人员的数量、工具的特性等科学、合理地安排整个清理、冲洗及消毒过程。
程序的实施
控制昆虫： 昆虫是疾病重要的传播媒介，必须在其移居于木制品或其它物品之前，将其杀灭。当种鸡淘汰后，这时鸡舍还较温暖，应该立即在垫料、鸡舍设备和鸡舍墙壁的表面喷洒杀虫剂；或者选择在种鸡淘汰前两周在鸡舍使用杀虫剂。第二次使用杀虫剂应在熏蒸消毒前进行。
清扫灰尘： 所有的灰尘、碎屑和蜘蛛网必须从风机轴、房梁、开放式鸡舍卷帘内侧、鸡舍内的凸处和墙角上清扫掉。最好用扫帚扫掉，这样灰尘降落到垫料上。
预加湿： 在清理垫料和移出设备之前，应该对鸡舍内部从鸡舍顶部到地面用便携式低压喷雾器喷洒消毒剂，从而使尘埃潮湿沉降下来。在开放式鸡舍，应先封闭卷帘。
移出设备： 所有的设备和设施（饮水器、料槽、栖息杆、产蛋箱、分隔栏等）应从鸡舍内移出（注意，在移出产蛋箱之前，应事先将蛋窝内的垫料掏尽），并放在舍外的混凝土地面上。而不应把自动集蛋设施或鸡舍不易移动的设备移到鸡舍外。拆走温控器、时间控制器、电压调节器、风机电机、电灯泡等不易或不能冲洗消毒的物品，由专人（如电工）进行除尘、维护保养以及薰蒸消毒等，并放入指定的库房进行隔离保管。
清除鸡舍内粪便和垫料： 清除鸡舍内所有的粪便、垫料和碎屑，拖车和垃圾车在移出鸡舍前要遮盖好，以免灰尘和碎屑在舍外被风吹的四处飘散，污染场区；离开鸡舍时，车轮必须擦刷干净并消毒。每清完一栋鸡舍都要安排人员铲刮棚架上、鸡舍边角以及其它表面所积累的粪便；并将该栋残留的鸡粪认真清扫干净，同时，还要将鸡舍周围及其粪道撒落的鸡粪也认真清扫干净。粪便和垫料必须运往远离鸡场的地方，按当地规定进行处理。
鸡舍内外的清洗： 必须首先断开鸡舍内所有电器设备的开关。用含有发泡剂的水通过高压水枪冲洗，以清除残留在鸡舍和设备上的灰尘和碎屑。然后用含清洗剂的水进行擦洗。最后用有压力的水冲干净。在冲洗过程中，应迅速把鸡舍内剩余的水排净。所有移到鸡舍外的设备必须浸泡和冲洗。在设备冲洗干净后，设备应在有遮盖物的条件下储存。应特别注意鸡舍内以下几个部分的冲洗：风机框、风机轴、风机扇叶、通风设备的支架、屋梁的顶部、各种支架、水管等。鸡舍外面也必须冲洗干净并注意：进气口、排水沟、水泥路面等部分的冲洗。为了确保难以接近的地方能冲洗干净，可以使用轻便梯和手提式便携灯。在开放式鸡舍，卷帘内侧和外侧都必须冲洗干净。任何不能冲洗的物品（如聚乙烯制品、纸板等）都必须销毁。
饮水系统清洗： 排干水箱和水管内所有的水，用清水冲刷水线。清除水箱内的污物和水垢，并把这些物质排到鸡舍外。在水箱内重新加入清水和水清洁剂。把含有清洁剂的水从水箱输入到水线内。但注意不要出现气阻现象。水箱内含清洁剂的水要保证适当的高度，这样可以保证水管内的水有适当的压力。更换水箱水时，要让清洁剂在水箱内最少保留4小时。用清水冲刷并把水排掉。在进鸡前重新加入清水。水管内易形成水垢，因此应经常进行处理，以避免影响水的流速和造成细菌污染。水垢和细菌中的脂肪多聚糖易形成苔藓。水管所使用的材料，将影响到水垢形成的多少。例如：塑料水管和水箱，由于存在静电特性从而易于细菌吸附，在饮水中使用维生素和矿物质易于形成水垢和其它物质的聚合。用物理方法很难去掉水管内的水垢，在两批鸡之间使用高浓度的次氯酸钠或过氧化氢附和物可以溶解水管内的水垢。这需要在小鸡饮水前把水管内的水垢彻底冲刷干净。如果当地水中矿物质（特别是钙或铁）含量很高，在清洗中需要加一些酸，以便去除水垢。金属水管也可采用同样的清洗办法。但有时水管腐蚀易造成漏水，在对饮水系统进行处理前，应考虑水中矿物质含量。
蒸发冷却系统和喷雾系统的清洗： 应使用双硝酸清洗剂进行清洗，双硝酸清洗剂也可以在产蛋期使用，这样可以减少这些系统中的细菌数。并降低进入鸡舍的细菌数量。
喂料系统的清洗： 清空、冲洗和消毒所有的喂料设施，如料箱、轨道、链条和悬挂料桶。清空料塔和连接管并打扫干净，密封所有的开口。如可能可以进行熏蒸。
棚架的清洗： 竹制棚架、木制棚架、以及塑料棚架等，冲洗和消毒过程都基本相同。即，先将棚架缝隙残留的鸡粪尽可能铲刮干净，放入水池用清水浸泡，再用高压水枪冲洗干净，然后再放入配有消毒液的水池进行二次浸泡，最后用有压力的水冲干净。
其它设备的清洗： 其它设备（如产蛋箱、遮光罩等）的清洗消毒可参照以上介绍的办法实施。
附属设施的清洗： 凡在场区内的所有附属设施，如洗衣房、浴室、厕所、蛋库、料库、草库、锅炉房、自行车棚、熏料间、熏蒸箱等，都要彻底冲洗干净，同时，还应将各个地方的地漏、沉淀池等清理干净。
鸡舍的维修： 干净的空鸡舍为建筑结构的维修提供了理想的时机。鸡舍一旦空置，应注意以下几项工作：用混凝土或水泥修补地面上的裂缝。修补墙体的勾缝和粉刷的水泥层。修复或替换已损坏的墙体和屋顶。如需要用涂料或白石灰进行粉刷。确保鸡舍所有的门都能关严。
设备的安装和调试： 安装并调试因冲洗需要而拆卸的设备，如温控器、时间控制器、电压调节器、风机电机、电灯泡等。
老鼠和野鸟的控制： 检查所有进、出风口的防护网，若有损坏，及时修补；检查所有门、窗是否能关严，需要时进行修理；检查所有墙壁、挡板和屋顶上的缝隙，需要时要修补好。关闭所有门窗和进出风口，防止野鸟和鼠类动物进入鸡舍。在鸡舍内外投放鼠药，此时老鼠已有数日无料可吃，很容易中毒（鸡舍内的鼠药在两周后撤出）。
鸡舍的消毒： 消毒应该在整栋鸡舍（包括鸡舍四周）彻底清洗干净和维修完成后才能进行。消毒剂对污垢和有机物无效。在使用消毒剂时，必须按照消毒剂制造商的说明书进行使用。消毒剂应通过冲洗机或便携式喷雾器来使用。对消毒剂进行发泡可以增加接触时间，从而加强消毒效果。鸡舍在密封后把温度升到较高水平，将有助于增加消毒效果。
鸡舍地面处理 若有必要，须对鸡舍地面进行处理，如用：盐、石灰、硼酸、硅酸铝等。
