本病属于条件致病性病原，因此非常容易在防疫密集时刻或强应激时发生，因此在一些时间点上进行控制。
1、两周龄以内
两周内特别在7日龄和14日龄左右极易发生，应严格控制温度，注意通风换气，添加敏感药物。2日龄前温度维持在35℃以上，以鸡背温度为标准，临床以10％出现张口呼吸为标准，特别在冬天非常关键，适当高温育雏可明显降低一些疾病发生率，3日龄开始递减温度，通风，换气。温度每天递减0.5～1℃，到24℃时，不再递减。通风换气应使用排风扇，以免造成舍内温差过大。适时通风可保证适宜的湿度，可避免因湿度大、空气污浊诱发大肠杆菌病。控制温度同时添加药物预防，可用头孢类药物，如头孢曲松每克加水10～20kg，连用3d。或者和氧氟加替联合应用。
2、21～35日龄
这一阶段是鸡大肠杆菌病的高发阶段。饲养管理上要求温度控制在24℃左右，进一步加强通风，添加药物预防大肠杆菌病，还应注意添加抗球虫病药物预防球虫。预防大肠杆菌病可采用氨基糖苷和林克霉素类联合应用。如阿米卡星饮水，1g阿米卡星加水20kg，连用3d。加上林可霉素1g兑水10kg。抗球虫药可用地克珠利饮水或驱虫粉全天量1次饮水，既可防大肠杆菌病又可防球虫病，此阶段成果亦可维持半个月左右。
3、35～55日龄
此阶段易发生大肠杆菌性关节炎及大肠杆菌性肠炎，采用左旋氧氟沙星全群饮水，15g5左旋氧氟沙星加水200kg，并配合林克霉素连用3～5d。即可控制大肠杆菌病，也可控制慢性呼吸道病。
此外，大杆感染部分来源于不洁的饮水，因此定期对饮水系统进行消毒，带鸡消毒非常关键。国内部分专家不提倡对鸡群进行带鸡消毒，认为可能会导致肠道菌群失调，或者会对肠粘膜造成损伤，个人认为这个担心并不存在。做为人用饮用自来水都含一定浓度的漂白粉，何况鸡呢？只要浓度控制好即可。
