鸡盲肠组织滴虫病的潜伏期一般为15～20天。病火鸡精神萎顿，食欲不振，缩头，羽毛松乱。头皮常呈紫兰色或玄色，所以叫黑头病。病情发展下去，得病火鸡精神沉郁，单个呆立在角落处，站立时双翼下垂，眼闭，头缩进躯体卷入翅膀下，行走如踩高跷步态。
病程通常有两种：一种是最急性病例，常见粪便带血或完全血便。另一种是慢性病例，得病火鸡排硫磺色粪便，这种情况鸡很少见，但曾见到带血的盲肠排泄物。较大的火鸡慢性病例一般表现消瘦，大约感染后第十二天，火鸡体重开始减轻，鸡很少呈现临床症状。
感染组织滴虫后，第一天引起白细胞总数增加，第十天达高峰，每立方毫米7万个。主要是异嗜细胞增多，但在恢复期单核细胞和嗜酸性白细胞明显增加。淋巴细胞、嗜碱性白细胞和红细胞总数不变，感染后21天血细胞计数恢复到正常值。
