1、发酵
虽然发酵控制是很有利的，但反过来，如果发酵不可控则对动物健康有不利影响。这是液态饲喂系统受到最大质疑的地方。发酵过程不可控往往会导致大肠杆菌、沙门氏菌、酵母和许多其他可能的病原体增多。因此，业内通常建议用乳酸（或者其他酸化剂）酸化至pH4，并用300ppm的二氧化氯进行处理。这里应注意的是，每个搅拌和输送系统都有特定的程序用于清洁和消毒，这些清洁和消毒的准则必须严格遵守，以确保系统所需的适当的卫生程度。
2、干物质
液态饲喂的另一个关键问题是湿料中干物质的浓度。根据经验，每1份干饲料应配3份水，或者干物质浓度为25%即可。很多老式的输料系统不能输送较为密集的搅拌料，而密度较小的湿料由于产生废水过多又不太可取。研究表明，虽然强烈推荐断奶后第1周的仔猪使用干物质浓度为25%的湿料，以确保足够的养分吸收。但是，即便干物质浓度为15%，猪也可以有效地利用湿料而不会有任何性能损失。
3、产生更多废水
经验表明，猪饲喂液态料会产生更多污水——尤其是饲喂富含蛋白质和（或）盐分的液态副产品时。产生的废水可以说有利有弊。利处在于更多的废水使得粪浆的浓度更低，从而更容易被处理，而弊则是因为需要花费更多的处理成本。
4、水的配置
即使液态饲料中不含液态副产品和正常的钠含量，政府当局也都建议为猪提供自由的新鲜非盐水。猪对水的需要量因个体猪的体重、生长速度、舍内温度和健康而有所不同。虽然说，每个猪栏至少配两个饮水器，可以有效地防止饮水器杜塞。但是，在液态饲喂系统中，每10-20头猪配1个单独的饮水器就足够了。
5、拒食
有不多的几个报道指出，在使用这套饲喂系统的最初几天里，即便饲料没有问题，但是，此前不熟悉液态饲料的猪（尤其是断奶仔猪）仍可能出现拒食现象。拒食现象一旦出现，通常可以在饲喂器靠近料槽的一端添加一些干饲料，连续添加几天，直至猪开始愿意进食液态料。对于年龄较大的猪，可以添加少量的干饲料在料槽中，这样往往能够让猪知道饲料的出口。如果猪还是拒食，那问题可能就出在饲料本身和输料系统上。
