机械清除法通过清扫、洗刷、通风及过滤等机械方法清除病原体。该方法虽说普通且常用，但达不到彻底消毒的目的，作为一种辅助方法，须与其他消毒方法配合进行。
物理消毒法采用阳光、紫外线、干燥、高温及蒸煮等方法，杀灭细菌和病毒。
化学消毒法用化学药物杀灭病原体是最为常用的方法。选用消毒药物应考虑杀菌广谱，该药物具有使用方便、价廉、易于推广、有效浓度低、作用快、效果好、无臭、无味、不损坏被消毒物品，对人畜无害、性质稳定、易溶于水，不易受有机物和其他理化因素影响，使用后残留量少或副作用小等特点。
生物消毒法将被污染的粪便堆积发酵，利用嗜热细菌繁殖时产生高达到70℃以上的热，经过1～2个月可将病毒、细菌、寄生虫卵等病原体杀死。但此法不适用于炭疽、气肿疽等芽孢病原体引起的疫病，这类疫病的粪便应焚烧或深埋。
定期性消毒一年内进行2～4次，至少于春秋季各进行一次。牛舍内一切用具每月应消毒一次。对牛舍地面及粪尿沟可选用下列药物进行消毒：5%～10%热碱水、3%苛性钠、3%～5%来苏尔溶液等喷雾消毒，用20%生石灰乳粉刷墙壁。饲养用具、牛栏、牛床等以5%～10%热碱水或3%苛性钠溶液或4%来苏尔进行洗刷消毒，消毒后2～6小时，在放入牛只前对饲槽及牛床用清水冲洗。
临时性消毒牛群中检出并剔出结核病、布氏杆菌病或其他疫病牛后，有关牛舍、用具及运动场须进行临时性消毒。布氏杆菌病牛发生流产时，必须对流产物及污染的地点和用具进行彻底消毒。病牛的粪尿应堆积在距离牛舍较远的地方，进行生物热发酵后，方可充当肥料。产房每月进行一次消毒，分娩室在临产牛生产前及分娩后各进行一次消毒。
