一、进畜之前消毒。购买畜禽前一周，对圈舍及其周边进行一次彻底消毒，杀灭所有病源微生物。
二、养畜期间定期消毒。病源微生物的繁殖能力很强，无论养禽还是养畜，都要对畜禽圈舍及其周围环境进行定期消毒。规模养殖场一般都有严格的消毒制度和措施，而普通农户养殖数量较少，一般每月消毒1-2次。
三、出栏后消毒。畜禽出栏后，其圈舍内外病源微生物较多，必须来一次彻底清洗和消毒。消毒畜禽圈舍的地面、墙壁及其周边，所有的粪便要集中成堆，让其发酵，所有养殖工具要清洗和药物消毒。
四、高温季节加强消毒。夏季气温高，病原微生物极易繁殖，是畜禽疾病的高发季节。因此，必须加大消毒强度，选用广谱高效消毒药物，增加消毒频率，一般每周消毒不得少于1次。
五、发生疫情紧急消毒。如果畜禽发生疫病，往往引起传染，应立即隔离治疗，同时迅速清理所有饲料、饮水和粪便，并实施紧急消毒，必要时还要对饲料和饮水进行消毒。当附近有畜禽发生传染病时，还要加强免疫和消毒工作。
