农产品电子商务的物流，主要面临着两方面的问题：一是单笔的配送成本较高。假如在一笔电子商务交易中客单价（即单笔交易额）为100元，那么农产品的物流成本将占到25%到40%，相比之下电子产品、服装的物流成本则在5%以下。按当前的行业数据测算，如果客单价低于200元，农产品电商就将处于亏损状态。二是我国冷链物流较落后，所配送的农产品质量难以保证。由于农产品大多是生鲜产品，需要进行冷链流通。据有关资料，近年我国果蔬、肉类、水产品冷链流通率分别只有5%、15%、23%，大部分生鲜农产品仍在常温下流通，而欧美发达国家的肉禽冷链流通率已经达到100%，蔬菜、水果的冷链流通率也在95%以上。由于冷链物流的不完善，造成农产品流通损耗率高达25%至30%，也成为我国农产品电商发展的一大挑战。
尽管农产品电商面临着诸多困难，但其发展依然势不可挡，据《阿里农产品电子商务白皮书2013 》显示，2013年阿里平台上的农产品销售额同比增长了112.15%。为什么能有如此高速的增长呢？一个重要的原因是，传统的农产品流通模式环节多、效率低，相比之下尽管当前农产品电商的物流成本很高，却依然具有强大的吸引力和生命力。而突破物流瓶颈，不但攸关农产品电商模式的最终成败，对整个农产品流通机制的变革乃至“三农”问题的解决来说，也都有着重要意义。
改进农产品电商物流的方式是：
一是加大基础设施投入，大力推进农产品冷链物流建设。目前我国专业的农产品物流尤其是冷链物流的发展仍处于起步阶段，规模化、系统化的物流体系尚未形成，与发展现代农产品流通、满足居民消费需求尤其是发展农产品电商相比仍有较大差距。国家发展改革委《农产品冷链物流发展规划（2010—2015年）》提出，到2015年要初步建成布局合理、设施先进、上下游衔接、功能完善、管理规范、标准健全的农产品冷链物流服务体系。尽管当前物流企业对冷链建设的热情很高，各大物流公司之间开始自发进行跨区域的冷链业务合作，但由于冷链物流投资巨大，加上我国幅员辽阔，要想尽快建立起覆盖全国的冷链物流体系任务依然艰巨，亟须政府加大投资力度。
二是全面优化农产品物流网络。当前我国农产品物流网络尚缺乏系统的规划，对运输路线、工具以及时间的选择上没有很好地进行优化处理，导致农产品供应链中物流成本较高，同时损耗也较高。农产品电商则进一步对物流网络提出了更高的要求，需要从供应链管理的思维出发，优化农产品物流路径和节点设计，并对农产品供应链中的加工、包装、库存、配送等环节统一制定实施符合现代物流技术的标准，有效提高物流的效率，降低农产品电商的物流成本。
三是鼓励市场继续探索创新农产品电商物流新模式。当前，不少企业对农产品电商开展了积极的探索，例如顺丰优选借助顺丰速递在快递行业的经验和网络优势，推出了生鲜电商业务，菜鸟物流则通过整合冷链公路货运、冷链中转中心、落地配公司等多种物流资源，形成新型“二段式配送”物流模式，有效地控制了成本。这些企业的自发探索是农产品电商得以发展的原动力，政府应对其进行积极鼓励，出台税收、金融方面的专门扶持政策。同时，农产品电商这一新生事物的发展还离不开消费者的积极支持。目前从事配送的冷藏车平均一次提货送货的单数还很少，分摊下来成本较高，只有在广大消费者的积极参与下，农户品电商才能实现规模效益，整个行业早日走出“赔本赚吆喝”的阶段。