在细菌对抗生素耐药性不断增加的形势下，但除了科学合理使用抗生素之外，中药提取物在畜牧业中应用的越来越广泛，但目前抗生素的不可替代性，也要求中药提取物在应用的过程中需注意的配伍禁忌。由于中药的成分复杂，化学结构难以定性，因此，在中西医结合治疗中还存在中西药物配伍禁忌的问题，但科学使用中药提取物将用带来很多好处。
第一、常见的中西药配伍禁忌主要可分为如下几类：
1、降低疗效或增加毒副作用。例如甘草提取物、复方甘草合剂等甘草制剂和鹿茸、首乌及其制剂不能与阿司匹林及降血糖药物合用。与阿司匹林合用，可增加胃肠道不良反应，甚至诱发或加重消化道溃疡。甘草可拮抗降血糖药如胰岛素、降糖灵等的作用。金银花、连翘、黄芩、鱼腥草等，不宜与乳酶生、整肠生、胃酶制剂等合用，因为这些中药在抵抗病菌的同时也抑制或降低了后者的活力。
2、引起酸碱度变化。例如甘草提取物中含甘草酸，不宜与多元环碱性较强的生物碱如奎宁、麻黄碱、利舍平等配伍，因其可产生沉淀使机体吸收减少而降低疗效。人参、三七、远志、桔梗等不宜与酸性较强的药物配伍，因为在酸性环境中，皂苷易在酶的作用下水解而失效。
3、不合理配伍容易产生有毒物质，比如六神丸、牛黄至宝丹、清热解毒丸等，不宜与硝酸盐、硫酸盐同服，因雄黄主要成分为硫化砷，同服后胃液内产生少量硝酸或硫酸，使雄黄所含硫化砷氧化生成三氧化二砷，毒性增加，长期应用可引起砷中毒。
4、用药不合理，吸收率会大大降低，比如大黄、山茱萸、石榴皮、五倍子、虎杖等中药不宜与胰酶、淀粉酶、胃蛋白酶、洋地黄类、麻黄素、硫酸亚铁、维生素B1等合用，因前者中所含大量鞣质与上述西药能相互结合，生成鞣酸盐沉淀，可引起多发性神经炎、消化不良、食欲不振等。
第二、科学使用中药提取物的益处
1、 中药毒副作用及有害残留少
中药属于天然有机物，清热解毒类中药就是天然的广谱抗生素，已发现有近千种植物等中药有抗菌和抑菌作用。纯天然的中药保持了各种成分结构的自然状态和生物活性。同时，它们经过人类长期试验筛选证明确实有效才被保留记载下来的，代代相传。又通过各种方法加工炮制去除有害物质，长期应用很少出现毒副作用，而且不易在畜禽产品中形成有害残留。
2、中药一药多能，一剂治多病
①营养作用：许多中药中含有蛋白质、糖、淀粉、脂肪、维生素、无机盐和微量元素，对人和动物具有一定的营养作用。
②增加免疫功能：中药中所含的多糖类、有机酸类、生物碱类、糖苷和挥发油类物质均有增加机体体液免疫和细胞免疫功能的作用。如黄芪多糖、灵芝多糖、人参皂苷、莨菪碱、淫羊藿黄酮、牛磺酸等。
③激素样作用：有些中药本身不含激素，但可起到类似激素的作用。现代研究发现，香附、补骨脂、吴茱萸、高良姜等具有雌性激素样作用；淫羊藿、人参等具有雄性激素样作用；细辛、附子、吴茱萸、高良姜等具有肾上腺素样作用；水牛角、秦艽等具有促进肾上腺皮质激素样作用。
3、 双向调节，促进健康
中药调节机体免疫功能，主要作用分为两个方面，一方面是“高者抑之，下者举之”，也就是对于机体功能状态过于旺盛的使其抑制下去，对机体机能状态过于衰退的使其兴奋起来，从而恢复到正常状态，如黄芪、党参、甘草等。另一方面是“抑高”、“举下”的作用同时并存。如黄连、穿心莲、白花蛇草等，在抑制体液免疫的同时还可以提高细胞免疫水平。又如黄芩、栀子、连翘等清热药物，既有抑制体液、消除抗原作用，又有提高机体细胞免疫力的作用。中草药的双向调节作用，对于防治人和动物病毒性传染病是极其可贵的，是化学药物无法与之相比的独特优势。
4、不易产生耐药性
比如止痢金方，不仅在治疗肠道方面有特效，而且能够修复肠道粘膜，同时增加料肉比，广泛用于出口肉鸡和产蛋鸡，通过截止目前尚未有药物发生耐药性。深受广大用户欢迎。
目前黄芪提取物在养殖业应用的最为广泛，但不管是西药还是中药，各有各的优缺点，在防治人和动物的疫病时应该采用中西药结合，发挥优势互补是比较理想的措施。