营养物质在奶牛瘤胃的消化情形如下：干物质40%-80%;碳水化合物80%;粗纤维80%-95%;有机物60%-80%;粗脂肪10%-100%;能量占总消化能量的40%-87%。
功能健全的微生态环境里，瘤胃微生物主要包括细菌、原虫和真菌。瘤胃内的乳酸菌是反刍动物瘤胃和肠道内微生物的重要组成部分。犊牛瘤胃内乳酸杆菌的数量在其出生后逐渐增多，数量能够达到108-109个/g。
乳酸菌抑制致病菌生长，促进有益菌群的增长。乳酸菌增强营养物质吸收、促进机体生长，还能吸附降解黄曲霉毒素。优质的牛奶源于健康的奶牛，健康的奶牛源于功能健全的瘤胃和肠道。
实验结果发现，细菌与真菌的定量结果在健康奶牛与乳房炎奶牛肠道内容物中差异不显着；肠球菌属、葡球菌属、链球菌属、拟杆菌属、大肠杆菌在乳房炎奶牛肠道中数量明显高于健康奶牛，其中以肠球菌属差异最显着。乳杆菌属、双歧杆菌属及乳酸乳球菌为代表的乳酸菌在健康奶牛肠道中的含量高于乳房炎奶牛，其中乳杆菌属及其属内的布氏乳杆菌、清酒乳杆菌、唾液乳杆菌、嗜酸乳杆菌4个种差异极显着。
黏膜免疫细胞占到牛机体全部免疫细胞的80%;肠上皮淋巴细胞可产生与Th1、Th2功能相关的细胞因子，因此具有调节其他淋巴细胞和肠上皮细胞功能的特性，可防御肠道微生物感染。乳杆菌在肠道各黏膜上都能检测到，尤其在回肠黏膜上丰度最大。肠道乳杆菌可以刺激上皮淋巴细胞，改善肠屏蔽功能，提高牛肠道黏膜免疫水平。