预防性使用抗病毒药，可以减少呼吸道和消化道携带病毒的含量，将其控制在发病含量以下；对某些细菌病，预防性应用药物可以控制病原体的异常繁殖，发病次数会逐渐减少。
治疗性用药时，分清病因，区分原发和继发病原是投药成功的关键。对于蛋鸡，从产蛋率可以初步区分，即产蛋率异常下降多与非典型病症有关，产蛋率急剧下降多与病毒性疾病有关，产蛋率缓慢下降多与支原体或细菌感染有关，如果死亡率激增，则与混合感染或强烈应激有关。常用治疗方法有：
1.细菌性感染
可用恩诺沙星、环丙沙星、氧氟沙星饮水投药。
2.支原体感染
可用氧氟沙星、泰乐菌素、红霉素、支原净等。
3.真菌性如曲霉菌病
可用制霉菌素、硫酸铜等饮水。
4.病毒性呼吸道病
确诊后可使用相应的血清抗体或紧急疫苗接种。同时可用抗生素防止继发感染，也可用一些抗病毒药物如板蓝根、病毒灵等。同时鸡群发病时可在饮水中添加多维以增强抵抗力。
另外需要注意的是，长期或过量使用药物可改变内环境正常生态菌群，损害黏膜系统，导致呼吸道黏膜免疫力和抵抗力下降，也会成为呼吸道疾病的诱因。
