按照制定的免疫程序进行免疫，畜禽就安全了，消毒不消毒并不重要。
实际上，免疫不是医治百病的干金良方。免疫后机体应答产生了一定水平的抗体才可预防相应疾病的发生。而免疫应答产生抗体的水平会受到免疫时间及免疫方式、疫苗质量、疾病感染压力、动物健康水平、饲料质量等诸多因素的影响。因此。按设定的程序进行免疫只是畜牧场生物安全措施的关键步骤之一。
消毒药定期轮换使用，才能避免抗药性的发生。
消毒药是否轮换使用取决于所使用消毒药的杀菌机理。所选用的消毒药的杀菌机理是穿透性杀菌方式，则不会产生耐药性的问题。穿透性杀菌方式下，消毒药直接穿透细菌或病毒的细胞膜，氧化细菌、病毒内的脂质、蛋白成分及DNA而杀灭细菌、病毒，一旦消毒药接触到细菌、病毒，即可完成杀灭过程。细菌、病毒没有机会对消毒药产生适应性改变（通过变异以适应）。具有穿透性杀菌功能的消毒药有：过氧化物类（如：卫可、过氧乙酸等）、卤素类（二氧化氯、漂白粉、碘制剂等）。
所选择的消毒药的杀菌机理是接触性杀菌方式，则易于产生耐药性的问题。该类消毒药在杀灭细菌、病毒时需要在其周围有一定的有效浓度，当其周围的消毒药浓度不致以杀灭细菌、病毒时，细菌、病毒就会对其产生适应性改变（变异）而产生抗药性。具有接触性杀菌功能的消毒药有：季铵盐类（癸甲溴/氯胺、苯扎溴胺等）、酒精类、醛类、酚制剂等。
消毒药轮换应遵循的原则：根据畜牧场面临的生物安全情况确定。
