物理消毒法
常用的物理消毒法有自然净化、机械除菌、热力灭菌、辐射灭菌、超声波消毒及微波消毒等方法。如采用高温、阳光、紫外线等方法消灭病原体，注射器具、工作服等常用高温蒸煮消毒，垫器、饲养用具、设备则在阳光下曝晒消毒。
化学消毒法
理想的化学消毒剂应具备的条件是：杀菌谱广，有效浓度低；作用速度快，性质稳定；易溶于水，可在低温下使用；不易受有机物、酸碱及其它物理、化学因素的影响，对物品无腐蚀性；无色、无味、无臭，消毒后易于除去残留药物；毒性低，不易燃烧爆炸；使用无危险性；价格低廉；便于运输，可以大量供应。
生物消毒法
生物消毒法是指利用微生物间的抑制作用或用杀菌性植物进行消毒的方法。常用的是发酵消毒法等，主要用于鸭鹅粪的无害化处理，如堆积发酵法或建沼气池等，使粪便发酵产热杀死病原体，从而达到消毒的目的。
