彻底清洁 消毒前，应清除粪便、垫料、灰尘、污物，因为灰尘、污物等有机物残留在畜禽舍的地面和墙壁，病毒、细菌及球虫卵混在其中，消毒药物的杀菌效果会受到影响。
选用合适的消毒药物 在使用消毒药物时应根据不同环境特点，选择与其相适应的消毒药物。如饮水消毒常可选用漂白粉、百毒杀等；烧碱和生石灰常用于地面和环境的消毒。
正确使用消毒药物 选择可有效杀灭病原微生物的最低浓度。疫病期的消毒浓度应提高2～10倍。消毒药物的用量要按规定执行，不可减少用量，但用量过高也会对畜禽产生毒害作用。消毒过程中要尽可能使药物长时间与病原微生物接触，一般消毒的时间不能少于30分钟。消毒药物应现用现配，防止久置受氧化或日照分解而失效，在露天场所需长期使用的消毒药物应定期更换，以保证有足够的活性物质。
交替或配合使用消毒药物
对各种病毒、细菌、真菌、原虫等只用一种消毒药物是无法将所有病原体消灭干净的，而且长期使用一种消毒药物会使病原微生物产生抗药性。根据不同消毒药物的消毒特性和原理，可选用多种消毒药物交替使用或配合使用，以提高消毒效果，但应注意药物间的配伍禁忌，防止配合后反应引起减效或失效。
