由于组织滴虫是通过异刺线虫卵传播的，所以有效的预防在于减少或杀灭这些虫卵。阳光照射和排水良好的鸡场可缩短虫卵的活力，因而利用阳光照射和干燥可最大限度地杀灭异刺线虫虫卵。雏鸡应饲养在清洁而干燥的鸡舍内，与成年鸡分开饲养，以避免感染本病。另外应对成年鸡进行定期驱虫。鸡与火鸡一定要分开进行饲养管理。
对鸡的组织滴虫病可用药物进行防治，常用的药物有下列几种。
1.痢特灵(呋喃唑酮，Furazolidonum) 治疗用4×10-4，混于饲料，连用7～10天；预防用1.1×10-4～2.2×10-4，混于饲料，休药期为5天。
2.甲硝哒唑(灭滴灵，Metronidazolum) 治疗用2×10-4，混于饲料，每日3次．连用5天，疗效达90％。
3.二甲基咪唑(Dimetridazole) 治疗用6×10-4～8×10-4，混于饲料，疗程不得超过5天，不要喂正在产蛋的鸡群；预防用1.5×10-4～2×10-4，混于饲料，休药期为5天。
4.卡巴胂(Carbarsone) 预防用1.5×10-4～2×10-4，混于饲料，休药期为5天。
5.异丙硝咪唑(Ipronidazole) 治疗用2.5×10-4混入饲料，疗程7关；预防用6.25×10-5，混于饲料，休药期为4天。
6.硝苯胂酸(Nitrasone) 预防用1.87×10-4，混于饲料，休药期为4天。
