溃疡性肠炎有临床诊断中往往与盲肠肝炎、鸡球虫病、鸡白痢杆菌病及禽副伤寒相混淆，应予鉴别诊断。
1.鸡溃疡性肠炎是由鹌鹑梭菌引起的急性细菌性传染病，以拉白色、绿色或褐色稀粪为特征。而鸡白痢杆菌病、禽副伤寒则为沙门氏杆菌引起的传染病，盲肠肝炎、鸡球病则分别是由滴虫、球虫引起的寄生虫病，盲肠肝炎以拉硫黄色的稀粪为特征，球虫病则以拉血色稀粪或带有黏液的粪便为主。
2.鸡溃疡性肠炎，肝脏形成大小不一的黄色坏死区及盲肠壁上的中心凹陷溃疡灶，是最具特征性的病理变化。鸡白痢杆菌病及副伤寒，则肝脏肿大有出血条纹或针尖大小的灰白色坏死点，盲肠扩张，肠腔中有淡黄色的干酪样物堵塞。鸡球虫病，则肝脏无病变，盲肠肿大几倍，呈棕红色，肠壁增厚发炎，内溶物为血液或血凝块或黄白色混有血液的干酪样物质。鸡盲肠肝炎，肝脏表面形成不规则的中心微凹、边缘隆起的溃疡灶，溃疡处呈淡黄色或浅绿色，肓肠肿大，内有干酪样栓子，栓子断面外层为淡黄色，里面呈黑紫色。
3.发病时间，溃疡性肠炎常发生于4～12周龄的鸡，而副伤寒及急性败血型的白痢杆菌病则多见于1月龄内的雏鸡。
4.溃疡性肠炎有时和鸡球虫病同时发生，在所发生的16起病例中，就有3起两病同时发生的情况，因此应同时治疗两病。
