引发肉鸡肠毒综合征的病因很多，小肠球虫感染、肠道内菌群失调、饲料中维生素、能量和蛋白质的影响等等。
小肠球虫感染：由于各地环境、饲养管理和药物预防水平不同是造成球虫感染的原发性原因，特别是小肠球虫感染时，小肠球虫在肠黏膜上大量生长繁殖，导致肠黏膜增厚，严重脱落及出血等病变，使饲料不能完全消化吸收。同时，对水分的吸收也明显减少，尽管鸡只大量饮水，也会引起脱水现象。这是引起肉鸡粪便变稀，粪中带有未消化饲料的原因之一。
肠道内菌群失调：肠道内环境改变使肠道内有益菌减少，而有害菌趁机大量繁殖，肠道消化酶的消化功能下降，饲料消化不良，有害菌、球虫及其产物刺激肠道的平滑肌收缩，使肠蠕动加快、加强，饲料消化时间减少，导致消化不良。
饲料中维生素、能量和蛋白质的影响及饲养条件的恶化：在调查中发现，饲料营养越丰富，发病率越高，症状也越严重，品质较低的饲料相对发病率较低。这是因为，在球虫与细菌的混合感染中，大量的能量、蛋白质和部分维生素促进二者大量繁殖，加重症状。该病多由小肠球虫隐性感染导致消化功能障碍，肠道微生态平衡被破坏，引起厌氧菌感染，进一步恶化了消化道内环境，继发病毒等使病症加重，造成该病暴发，大批量死亡。
电解质大量丢失：在该病发生的过程中，球虫细菌大量快速生长繁殖，导致消化不良，肠道吸收障碍，电解质的吸收减少。同时，由于大量肠黏膜细胞迅速破坏，使电解质大量丢失，出现生理化障碍，特别是钾离子的大量丢失，会导致心脏的兴奋过度增强。
自体中毒：有害菌所产生的毒素如大肠杆菌产生的内毒素、球虫的代谢产物和死亡分解产物等被机体吸收发生自身中毒。在发病的过程中，大量的肠上皮细胞破裂脱落，在细菌的作用下，发生腐败分解以及虫体死亡、崩解等产生大量的有毒物质，被机体吸收后发生自体中毒。从而在临床上出现先兴奋不安，后瘫软昏迷，直至衰竭死亡的情况。
该病一种以腹泻、粪便中含有未消化好的饲料、采食量明显下降、生长缓慢或体重减轻、脱水和饲料报酬下降等为特征的疾病。该病虽然死亡率不高，但造成的隐性经济损失巨大，而且往往被养殖户误认为是一般的消化不良或单一的小肠球虫感染。此病在高温潮湿和炎热的梅雨季节多发，多发于30日龄～40日龄肉鸡，最早可发生于7日龄～10日龄的肉雏鸡。
