组织滴虫的主要病变发生在盲肠和肝脏，引起盲肠炎和肝炎，故有人称本病为盲肠肝炎。一般仅一侧盲肠发生病变，有时为两侧。在感染后的第8天，盲肠先出现病变，盲肠壁增厚和充血。从粘膜渗出的浆液性和出血性渗出物充满盲肠腔，使肠壁扩张；渗出物常发生干酪化，形成千酪样的盲肠肠心。随后盲肠壁溃疡，有时发生穿孔，从而引起全身的腹膜炎。肝脏病变常出现在感染后的第10天，肝脏肿大，呈紫褐色，表面出现黄色或黄绿色的局限性圆形的、下陷的病灶，直径达lcm，达豆粒大至指头大。下陷的病灶常围绕着一个成同心圆的边界，边缘稍隆起。在成年火鸡和鸡，肝的坏死区可能融成片，形成大面积的病变区，而没有同心圆的边界。鸡的肝脏病变常常是稀疏的或者没有，盲肠的病变也没有火鸡那样广泛。
