鸡气囊炎临床特征表现为人工感染的潜伏期约为4~21天，自然感染的难以确定，可能更长。主要呈慢性经过，病程1～4个月，有不少病例可是轻型经过。典型症状主要发生于幼龄鸡中，若无并发症，发病初期，则为鼻腔及其邻近的黏膜发炎，病鸡出现浆液、或浆液―黏液性鼻汁，打喷嚏，窦炎，结膜炎及气囊炎。病的中期，炎症由鼻腔蔓延到支气管，病鸡表现为咳嗽，有明显的湿性罗音。到了后期，炎症进一步发展到眶下窦等处时，由于该处蓄积的渗出物则引起眼睑肿胀，向外突出如肿瘤，视觉减退，以至失明。 在上述炎症的影响下，病鸡新陈代谢受到干扰和破坏，导致食欲减退，鸡体因缺乏营养而消瘦，雏鸡生长缓慢，母鸡产蛋量大大下降，一般下降10％～40％，种蛋的孵化率降低10％～20％，弱雏增加10％。
该病的病理变化表现为 病鸡的呼吸道、窦腔、气管和支气管发生卡他性炎症，渗出液增多。气囊壁增厚，不透明，囊内常有奶酪状分泌物。在气囊疾病严重病例，可见纤维素性肝周炎和心包炎同大量的气囊炎一道发生。病理组织学变化主要表现为感染组织的黏膜，由于单核细胞浸润和黏液腺的增殖而显著增厚。在黏膜下可见到淋巴组织的局部增生。
