虫害鼠害污染虫害可造成饲料营养损失，或在饲料中留下毒素。在温度适宜、湿度较大的情况下螨类对饲料危害较大。鼠害不仅会造成饲料损失，还会造成饲料污染，传播疾病。
微生物类污染饲料滋生黄曲霉菌、青霉菌、赤霉菌和镰刀霉菌等有害微生物，会产生黄曲霉毒素、赤霉素、赤霉烯酮等对畜禽有害的毒素。其中黄曲霉毒素的毒性最强。抗营养因子污染饲料中的抗营养因子主要有蛋白酶抑制因子、碳水化合物抑制因子、矿物元素生物有效性抑制因子、拮抗维生素作用因子、刺激动物免疫系统作用因子等。它们的存在会干扰畜禽对饲料养分的消化、吸收和利用。有害化学物质污染主要包括农药污染、工业“三废”污染、营养性矿物质添加剂污染等三类有害化学物质。非营养性添加剂污染抗生素、激素、抗氧化剂、防霉剂和镇静剂，对预防疾病，提高饲料利用率和生长速度有很大作用，但若不严格遵守使用原则和控制使用对象、安全用量及停药时间，药物及其代谢产物会在肉、蛋、奶中残留，并通过畜禽排泄物污染环境。
加工过程中产生的毒物交叉污染加工工艺控制不当，饲料中成分复杂的添加剂在粉碎、输送、混合、制粒、膨化等特殊的加工过程中会发生降解反应、氧化还原反应，生成一些复杂的化合物。因此在饲料加工生产过程中要注意清扫设备，避免饲料在输送及混合过程中分解和残留。
