不同碳水化合物的成分和糖类分子组成的方式之间的联系，对其消化的部位是有很大影响的，而碳水化合物是如何对胃肠道的生理机能产生影响的。《动物饲料科学与技术》上的一篇文章讲述了碳水化合物对胃肠道环境、共生微生物、发酵过程以及抵抗疾病感染，如仔猪断奶后肠道疾病和猪痢疾等的影响。猪的胃肠道可被认为是一条管道，分有不同结构和功能区域，可提供消化和吸收过程中的最佳条件。 在仔猪刚断奶后，α-淀粉酶的分泌受阻，这将导致断奶后头两周内小肠吸收淀粉不良。
这些条件使其难以评估膳食碳水化合物对健康肠道的具体影响，用保护断奶后消化功能紊乱来表示。然而，低聚果糖和多糖似乎能刺激有益菌，如乳酸杆菌，这能对胃肠道起到一定的保护作用。研究已证实，预防猪痢疾发生的两种方法：以为大肠提供数量有限的可发酵碳水化合物为基础，同时饲喂高度易消化的米饭-动物性蛋白；饲喂富含益生元碳水化合物的日粮，例如低聚果糖和/或多糖，以刺激有益微生物。不过，具有保护作用的高度易消化米饭饮食并没有在澳大利亚以外得到证实，而低聚果糖和多糖能刺激有益菌的功效在欧洲和澳大利亚都证实具有保护作用。
