消毒是防治疾病发生的中药手段，减少病毒侵袭的机会，切断传染源。猪舍消毒要采取适宜的方式和适宜的时间。猪舍消毒的方式：消毒最开始由于受到消毒剂的制约（最开始的消毒剂的刺激性大、毒性大，不安全）。因此，只能对环境以及空圈舍进行消毒，在圈舍内饲养猪的情况下就无法进行消毒。后来随着消毒剂的发展逐渐研发出一些无刺激、无毒、安全的消毒剂，以双链季铵盐的百毒杀为代表，能够在有猪存在的条件下进行消毒，填补了带猪消毒这块消毒的空白，有效地切断饲养环节疾病的传播。由于猪的嗅觉很是灵敏，因此在选择带猪消毒的消毒剂时一定要注意选择无刺激性、无毒的消毒剂，醋酸、福尔马林只能用于空舍消毒，用在带猪消毒上会由于其刺激性使猪产生应激。一般的胺碘、复合碘类消毒药对猪体没有影响。能够带猪消毒的消毒药有很多种，如0.5%的过氧乙酸、百毒杀、新洁尔灭等，这些消毒药对人喝猪都没有刺激性，也无异味，可以优先选用。如果每栋猪舍饲养猪只1000头左右，仅需20分钟就可以消毒完毕。经测算，带猪消毒一次可以杀灭猪舍85%以上的病毒感染量，对健康养猪是有好处的。带猪消毒采用喷雾的方式，一般情况下每周一到两次，但是至少一次。消毒时间：掌握好温湿度。一般温度相对高时消毒效果更好些，所以每天上午9：30～11：30、下午3：30～5：00进行消毒较好。湿度在60％～70％时进行消毒效果更好些，舍温在10℃～30℃时，作用30分钟即可取得良好效果。猪场发生了疫病后应全群带猪消毒，可以用碘制剂对全群猪进行喷雾消毒，具体稀释浓度看消毒剂的使用说明。
碘伏也可用于水的消毒，特别是饮用水的紧急处理，用8ppm有效碘，作用10分钟，就能杀死水中存在的病原微生物，也可以用“特效碘消毒液”，该消毒液为复方络合碘溶液，具有广谱、长效、无毒、无异味、无刺激、无腐蚀、无公害等特点。在实际应用中，常用0.3%特效碘配成60倍的稀释液带猪消毒，对控制疫病的流行很有效。只有选择合适的消毒方式掌握最佳的消毒时间才能取得最优的消毒效果。
