导致鸡曲霉菌病发生的真菌主要是烟曲霉和黄曲霉，饲喂品质低劣或发霉的饲料，如发霉的玉米、麸皮、鱼粉或混合饲料，或使用被污染发霉的垫草，是暴发本病的直接原因。饲养密度大，鸡舍通风不良，舍内外温差大，温度和湿度又有利于霉菌的繁殖，易诱发本病。夏秋多雨潮湿，饲料及原料容易发霉变质。进入冬季，使用这些饲料和原料，很容易导致鸡曲霉菌病的发生。
1.加强种蛋孵化器的消毒。孵化器内的曲霉菌在孵化过程中能穿透蛋壳而感染鸡胚，使出壳不久的雏鸡就能感染鸡曲霉菌病，这也是4日龄幼雏最易感染鸡曲霉菌病的一个主要原因。因此，要求种蛋从上孵到出壳前一定要经过多次熏蒸消毒，以切断和控制曲霉菌的感染。消毒过的种蛋在入孵前，用福尔马林熏蒸消毒一次；在落盘和出雏到50%左右时，再消毒一次，以彻底消除曲霉菌。方法是：根据鸡舍容积大小，按30-40毫升/立方米的标准，计算出福尔马林的总用量，然后与水按1∶1的比例混合，倒入金属容器内，以每50-100立方米的空间用一个蜂窝煤炉，放在靠近窗口处点燃，将盛福尔马林溶液的容器放在火炉上加热。操作人员隔窗观察，当液体蒸发完毕时，操作者用透明塑料薄膜袋罩严头部，进入舍内将金属容器移开，再将门口关严，密闭24小时以上。
2.不喂发霉变质饲料。不使用发霉的垫料和饲料是预防曲霉菌病的主要措施。在高温、高湿的夏秋季应减少每次购回的饲料量，以1周左右用完为宜，保证饲料新鲜。在饲喂时应采用少量多次，尤其是采用湿拌粉料更应少喂勤添，并多次匀料。
3.抓好鸡舍清洁卫生。每天至少要清洗1-2次饮水槽或饮水器，以防止霉菌的孳生。鸡舍要封好纱窗，防止苍蝇入内。因此，鸡舍要保持清洁卫生、干燥，不潮湿。每周用能杀灭霉菌、真菌的含有二氯异氰尿酸钠成分的消毒剂进行消毒，同时还要作好饮水消毒。如垫料发霉，应及时更换，也可用0.5%过氧乙酸带鸡消毒。
4.加强舍内通风换气。夏季气温高，应加强鸡舍内的通风，以排出舍内污浊的热气和氨、硫化氢等有害气体，并能有效的降低舍内的温、湿度和舍内空气中的霉菌数量。因为空气中的霉菌，大多是经呼吸道而感染鸡群，霉菌少了，感染机会也少了。天太热时，自然通风风量小，根据需要可打开排气扇，以加大排风量。但肉仔鸡在育雏期要保暖，温差不宜过大，应按雏鸡日龄的增加逐渐降低舍温和加大排风换气量，处理好保温与通风的关系。
