贝类养殖中的疾病常被人们所忽视，国内外也还没有形成有效的防治贝类疾病的方法，但在贝类养殖中，人们对贝类的灾害及敌害的防治目前已初步摸索出一些成功的经验。养殖贝类的灾害主要是理化环境的变迁，特别是温度、盐度和营养条件的突然改变，常常造成贝类的大量死亡，恶劣的环境条件，对贝类的卵和幼虫，可造成严重的损失，对于体质虚弱的亲贝，也是一个严重的威胁。环境的突变，如严寒的冬季、连绵的雨季、酷日的曝晒等都能使贝类周围环境中的水温和盐度，超过了贝类所能忍受的能力，会造成养殖贝类如牡蛎、珠母贝、蚶、蛤等大批死亡。淤泥的沉凝，泥沙的覆盖，也会造成底栖贝类窒息而死。油污染引起大面积海区严重缺氧，对贝类的危害很大。同样，赤潮的发生也会给贝类养殖带来灾害。那么在生产中怎样预防养殖贝类的这些灾害，尽量减少损失呢？应精心选择适宜贝类的养殖场地，如水温、盐度、营养生物条件比较稳定等；由于亲贝和贝苗对理化环境条件特别敏感，所以在排卵孵化和培育时，对养殖水质经常进行采样检测，并进行污染物和赤潮的预防，在污染和赤潮发生之前，将贝类移至安全海区。贝类养殖中的主要敌害有鱼类、螺类、寻氏短齿蛤、章鱼、海星、海燕、蟹类、海产涡虫及附着生物，
防治方法有：(1)敌害鱼类的防治：首先应在养殖区周围栏网片、苇泊等防止害鱼的进入，一旦有害鱼进入，可用鱼藤精或茶饼清除。一般鱼类用1%的鱼藤精乳汁即可杀除。茶饼每亩滩面用量4～7.5公斤。茶饼对缢坚有杀伤作用，故切勿在坚田使用。(2)敌害螺类的防治：肉食性螺类也是贝类养殖的敌害。如红螺、扁玉螺、福氏玉螺、斑玉螺、荔枝螺等。它们能用足包缠住贝类，待贝死亡后吃其肉，或分泌一种酸性物质，在贝壳上穿一孔，吃食贝肉。玉螺、壳蛞蝓常潜入泥下，可用0.2～0.3％的石炭酸喷于滩面，迫使其出穴，然后捕捉。但在蚬田内使用时，浓度应低于0.1％。(3)寻氏短齿蛤：又称牛皮癞，是埋栖贝类的敌害。常在5～6月份大批出现在贝类育苗场及养成区，覆盖滩面，侵占幼贝附着的地盘或影响贝类的摄食和呼吸，甚至将贝类弊死。发现短齿蛤时，可组织人力采捕，或用耙、树枝等在滩面上拖拉，拉断足丝，使其随潮水漂走。(4)章鱼的防治：章鱼有长蛸和短蛸常在贝类养殖区筑穴潜居，涨潮时出穴吃食贝类，它是缢蛏、泥蚶、砂蚬、扇贝、鲍鱼的敌害。在养殖管理中，庆经常寻找蛸洞挖捕，或利用章鱼喜在螺壳产卵的特点，在其产卵期利用螺壳捕捉。(5)海星、海燕的防治：海星和海燕对你工潮线以下的扇贝、鲍鱼、特蛎、砂蚬子等危害严重。海星大量繁殖时，可造成扇贝大量损失。因此，在贝类养殖区，必须消除海星和海燕。使用底拖网捕捞，捕到的海星运到陆上沤肥，不可撒碎后扔到海中。因为，海星的再生力很强，破裂的每一部分均能重新形成新的个体。(6)蟹类的防治：蟹类能损害贝苗或成贝，尤其是日本归侵害贝类严重。因此，采苗场或育苗场事先应每亩撒菜饼４公斤清除蟹类。(7)海产涡虫的防治：涡虫是一种姜片状的椭圆形的动物，体长3～6厘米，宽1.2厘米。春、夏在养殖区出现主要危害养殖的蚬子。清除涡虫的办法是在晴天时，每亩蚬田撒菜饼4～5公斤。(8)附着生物的防治：贝类的附着物有藤壶、海鞘、苔藤虫、穿孔海绵等，它们侵占养殖牡蛎的固着基，或附着在贝类的壳上，影响贝类的生存、摄食和呼吸。可利用藤壶与贝类繁殖的差别，正确掌握采苗季节，减少藤壶附着量，对附着在岩礁或牡蛎采苗器上的藤壶，在牡蛎附苗前清除。