新鸡舍好养，旧鸡舍难喂！这是很多养殖户普遍共识，因此鸡饲养期间所积蓄的病原菌，务必在鸡出舍后的空舍时进行一次彻底清扫。鸡舍内细菌污染度高的地方是鸡粪附着的笼架处，壁面和顶棚污染程度低，但是，在消毒时也不要放弃。
所以，对鸡舍的全面消毒是必要的，其要点如下：（1）彻底清洗水洗并洗净鸡舍内的材料，这是消毒作业的前阶段工作，非常重要，因为事关消毒效果。高压加高温水，容易使床面粘着的当物和油污脱落，而且干得快，从而缩短了工作时间。此外，在水洗前喷洗净剂，不仅容易使床面粘着的鸡粪剥落，同时也能防止尘埃的飞散。再则，在洗净时用铁刷擦洗，能有效地减少细菌数。一般水洗需水量为每平方米6升。（2）消毒剂的选择各种病原体只用一种消毒剂消毒是不行的。因此，对于一般的病原菌和病毒，采用苛性碱；对于特殊的病原菌（梭菌类的芽孢菌和肝病病毒等的无细胞特殊病毒），要用氯系列的消毒药剂；对于球虫类的卵囊，则用杀卵囊药剂。
消毒剂采用液状或雾状喷雾方法，每立方米用水量约为1升。先喷顶棚，再喷壁面，后喷床架。也可以用福尔马林等进行气体密闭熏蒸。需要注意的是，福尔马林等消毒效果高，但对人体也有坏的影响。因此，在操作时务必小心。
