饲料中霉菌毒素的存在对于畜牧生产者来说是一个难题，它对畜牧生产甚至是畜产品加工都造成很大的损失。
饲料原料中自然条件下产生的毒素污染对于奶牛的生产性能和健康一直都是一种威胁。
资料显示霉菌毒素能够抑制免疫系统功能，还会影响瘤胃、肠道、肝脏、肾脏、生殖系统、神经系统等重要器官。牧场中，皱胃移位、酮病、胎衣不下、子宫炎、乳腺炎以及脂肪肝的发病率也与霉菌毒素有关。
对于霉菌毒素引发的疾病生产中很少采取措施，如果要进行治疗那么就要增加许多损失。而且，日粮和生产管理的改善效果不明显，尽管这是引起霉菌毒素中毒的一个因素。
起初，霉菌毒素，如黄曲霉毒素和单端孢霉烯作用于免疫系统(巨噬细胞、淋巴细胞和红细胞的数目)，降低动物对于病原体的免疫反应。随着霉菌毒素水平的升高，逐渐影响动物的瘤胃(降低微生物数量，减少瘤胃运动)和其它器官(肠道、肝脏、肾脏、生殖系统、神经组织等)的功能(Fink-Gremmels，2007)。
另外应该考虑的是霉菌毒素污染造成奶牛跛足发病率升高。跛足引起产奶量、繁殖性能降低，还会增加治疗成本，从而造成经济损失。
Ozsoy 等(2005)研究表明饲料中黄曲霉毒素污染能够引起奶牛跛足(亚临床的蹄叶炎)，并且降低受胎率(卵巢囊肿)。
对于有着发达的前胃系统的动物，瘤胃液对于赭曲霉毒素A、玉米赤霉烯酮、T-2 毒素、呕吐毒素等是一种净化屏障，因为在瘤胃液中原虫的活性远远高于细菌(Westlake，1989)。
因此，通常认为反刍动物可以免受霉菌毒素的不利影响。但是，也不应该忽视霉菌毒素对于反刍动物的危害。
首先，黄曲霉毒素、玉米赤霉烯酮这类毒性化合物的代谢产物也是具有毒性的，甚至毒性更大。其次，应该注意的是霉菌毒素对于瘤胃环境和运动的不利影响。饲喂霉菌毒素污染的日粮会降低瘤胃运动，从而降低干物质、酸性洗涤纤维和淀粉的消化率，影响瘤胃微生物生长。
一、黄曲霉毒素
起初黄曲霉毒素的毒性表现为采食量降低，而后是体重或增重速度降低。同时，饲料转化效率和繁殖性能降低，容易产生应激，且对于犊牛的影响更明显。
慢性黄曲霉毒素中毒的症状是精神萎靡，食欲不振，鼻镜干裂，脱肛，肝脏损伤，腹部水肿等。饲喂黄曲霉毒素污染的饲料能够显著降低产奶量。
肝脏的组织病理学检查发现胆管扩张、肝细胞糖元减少、脂肪变性、纤维化、血管肿胀。
研究表明，加入1~10g/mL 的瘤胃液时黄曲霉毒素降低至10%(Yiannikouris 等，2002)。但同时检测到其代谢产物黄曲霉毒素醇，它是具有更高毒性的黄曲霉毒素B1的衍生物。饲喂黄曲霉毒素污染的日粮会引发卵巢囊肿、子宫感染，降低受胎率。
更应该引起注意的是黄曲霉毒素不仅对动物的繁殖性能产生影响，它还会影响动物整体健康状况。
癌症应用研究所研究证明黄曲霉毒素具有致癌性。牛奶中黄曲霉毒素的残留是不容忽视的，因为许多国家已经对牛奶中黄曲霉毒素B1的代谢产物AfM1进行了限量(即美国的限量标准是0.5ppb， 欧盟是0.05ppb)。奶牛日粮转换为无霉菌毒素污染的饲料后，牛奶中的AfM1浓度开始降低，2~3 天后回到正常水平(Fink-Gremmel，2008)。
二、脱氧雪腐镰刀菌烯醇
脱氧雪腐镰刀菌烯醇，又名呕吐毒素，是一种由镰刀菌属产生的霉菌毒素，能够引起动物的精神不振，采食量、日增重等生产性能下降，还会造成腹泻、流产、出血、血液学指标变化以及神经障碍等。
目前，对奶牛日粮中呕吐毒素的影响认识尚浅，但是临床资料显示呕吐毒素的摄入会造成生产性能的降低。因此，呕吐毒素可能能够作为霉菌毒素污染饲料的一个标志。
其它领域的报道也证实呕吐毒素与奶牛生产性能的降低有关系，而且会降低非泌乳期奶牛的采食量。
三、T-2毒素
T-2毒素是一种A型单端孢霉烯由镰刀菌属产生。它能够造成肉牛的肠胃炎、肠出血甚至死亡。T-2还能引起拒食、肠胃机能障碍、出血性痢疾、饲料转化率降低、产奶量降低、不发情。
研究显示日粮中T-2 毒素水平达到300~500ppb就会对奶牛产生不利影响，造成产奶量下降，延长初产奶牛对泌乳期日粮的适应期，引起腹泻、胃肠胀气，淘汰率和死亡率升高。
四、玉米赤霉烯酮
玉米赤霉烯酮是镰刀菌属对雌激素的代谢产物，产生于青贮饲料、玉米及其它谷物，如大豆、小麦、大麦、燕麦、高梁、芝麻籽、干草。
从化学上来讲，玉米赤霉烯酮的结构与雌二醇相似，能够与细胞受体结合，引起雌激素效应、发情期异常。摄入的玉米赤霉烯酮在瘤胃中有90% 转化为 -玉米赤霉烯醇(相当于10倍剂量的雌激素)，很少一部分转化为 -玉米赤霉烯醇，毒性降低(Schatzmayr，2005;Rodrigues 等，2009)。
英国一个牧场由于使用了劣质干草导致人工受精指数从1.2升到4.0。
有两个试验报道，奶牛每天摄入250mg晶体玉米赤霉烯酮，其受胎率降低超过3个发情期。
五、伏马毒素
伏马毒素由串珠镰刀菌产生，大部分产生于玉米和玉米为基础的饲料。