绿头野鸭的消化器官包括：喙、口腔、舌、咽、食道、嗉囊、腺胃、肌胃、肠（小肠、盲肠、大肠）和泄殖腔等，缺少唇、齿、软愕和结肠。消化器官主要用于采食、消化食物、吸收营养以及排泄废物（图4）。
喙（嘴）：绿头野鸭喙扁平，边缘粗糙，有许多细小缺沟，有助于摄食细小的饲料。摄食水中饲料后将泥水等从喙两侧排出。
口腔：鸭口腔内没有牙齿，依靠喙将某些饲料撕碎。唾液腺不发达，唾液内含少量的淀粉酶。饲料在口腔内被唾液稍微浸湿即进入食道。
食道：食道位于气管的右侧，食道宽大而富有弹性。绿头野鸭没有真正的嗉囊，仅在食管颈部形成一纺锤形囊贮存饲料，并分泌粘液以湿润和软化饲料。
胃：胃分前后两部。前部是腺胃，后部是肌胃。肌胃发达，内有一层坚硬的角质膜，此角质膜有保护作用，使胃壁在粉碎坚硬饲料时不致受损。肌胃通过肌肉收缩使其摩擦，能磨碎饲料，起到咀嚼作用。
小肠：是消化饲料、吸收营养物质的主要部位。小肠分泌的肠液中含有淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶，可将蛋白质分解为氨基酸，淀粉分解为葡萄糖，脂肪分解为脂肪酸和甘油。
大肠：由一对盲肠和直肠所组成，大肠不分泌消化液。仅起到消化纤维素和吸收水分的作用，但对纤维分解程度有限，故绿头野鸭对粗纤维的消化率较低。
泄殖腔：是消化、泌成和生殖三个系统的共同出口，肛门开口于体外。
肝脏：较大，位于腹腔前下部，分左右两叶，左叶有一胆囊，分泌胆汁利于消化脂肪类饲料。
胰腺：位于十二指肠瓣内，呈淡黄色，长形，分背腹两叶。
