兽用抗菌素在动物体内残留积累，人食用后可引发过敏反应(变态反应)和中毒现象。或使机体产生耐药性。
过量使用抗菌素会使敏感菌产生耐药性，使药效下降。药物残留还有致畸作用、致突变作用、致癌作用和激素(样)作用。兽药及其代谢产物通过粪便、尿等进入环境，被动植物富集，然后进入食物链，同样危害人类健康。兽药残留严重影响畜禽产品出口贸易。
